矩阵型组织存在着管理成本增加、多头领导、难以监测和控制、资源分配与项目优先的问题产生冲突以及权利难以保持平衡等缺点。
员工缺乏事业上的连续性和保障是项目型组织的缺点。
这部分知识在《系统集成项目管理工程师教程》中第154页有更详细的描述。